Anime ini berawal dari sebuah game permainan sosial yang berbasis web di jepang, Bercerita tentang armada misterius yang datang dari tengah lautan jauh yang dikenal sebagai “Abyssals”. Mereka muncul dari kedalaman laut yang jauh di sana dan entah mengapa menyerang dan mengacak-acak semua tempat. Untuk sekarang harapan satu-satunya untuk melawan mereka hanyalah Kanmusu, mereka adalah sekelompok gadis-gadis kapal yang mempunya semangat juang yang tinggi dalam perang antar kapal. Cerita awal fubuki dan teman temannya, mereka adalah para gadis yang benar-benar sebagaimana kerjanya kapal tempur, mereka memiliki alat-alat sepatu yang membuat mereka mengapung di atas permukaan air, senapan-senapan dan roket roket tanpa gudang amunisi, juga mempunyai busur yang dapat menembakkan sebuah kapal terbang kecil, sampai manusia kecil yang imut dan juga dapat memiloti kapal terbang tersebut. Tujuan mereka adalah untuk menghancurkan sekelompok yang bernama “Abyssals” yang muncul dari laut yang dalam dan jauh disana. Tonton juga kelanjutannya, KanColle: Itsuka Ano Umi de.