Akiyuki Takehara tinggal disebuah Pulau bernama Sentain bersama ibunya, sedangkan ayahnya yang seorang dokter pergi ke suatu tempat. Pulau Sentan sendiri berada di area Free Zone, yaitu daerah yang berada di zona bebas perang yang terletak diantara dreamlike dan dipisahkan oleh Pemerintah Utara dengan bagian Selatan, serta dikelilingi oleh laut Yuden. Hari-hari yang ia lewati seperti biasanya, namun kini hal yang luar biasa terjadi menimpa dirinya dan mengubah hidpunya. Berawal saat setelah mengantarkan bekal kepada Ryuzo yang dibuat oleh ibunya dan akhirnya pergi ke sekolah seperti biasa. Terjadi ledakan yang sangat dahsyat menimpanya bersama dengan temannya yaitu Haru dan Furuichi. Ledakan yang misterius tanpa diketahui asalnya dan menghasilkan sebuah cahaya misterius yang merasuki tangannya, sakit yang luar biasa membuatnya tak dapat berfikir, hingga datang seorang gadis berambut putih menghampirinya dan menuntunnya untuk mendapatkan kekuatan yang luar biasa. Dari sinilah cerita mereka dimulai

April 1889, Earl Ciel Phantomhive bersama dengan pelayannya yaitu Sebastian Michaelis dan Snake, mereka berlayar menggunakan kapal mewah Campania bertujuan untuk menyelidiki eksperimen-eksperimen ilegal pada manusia yang kemudian diperlihatkan saat pertemuan Aurora Society. Tak lama setelah itu, hal yang diluar dugaan. Orang-orang yang sebelumnya seharusnya sudah mati, namun tiba-tiba hidup kembali dan menyerang mereka. Kabar mengenai eksperimen dan kejadian membangkitkan manusia yang telah mati menjadi pusat perhatian utama bagi Earl Ciel Phantomhive, setelah kabar tersebut beredar ditelinga masyarakat. Sesaat sebelum kabar yang belum pasti itu sampai ke diketahui oleh Ciel, dia dan pelayan terbaiknya tersebut, yaitu Sebastian, ia pun memesan sebuah kapal mewah untuk menyelidiki kasus yang ajaib ini dan juga “Asosiasi Aurora” yang telah diduga melakukan eksperimen tentang menghidupkan kembali orang yang telah mati tersebut. Disaat Ombak laut menghancurkan kapal mereka, sekelompok makhluk misterius datang berkumpul dan mereka mengatasnamakan “Phoenix”. Padahal Ciel dan Sebastian mungkin saja hampir melangkah mendekati kebenarannya, tapi apa mereka mungkin telah ditakdirkan untuk menyelidiki sesuatu yang bisa saja berubah menjadi sebuah peti yang mengambang…?