Diclonius, merupakan makhluk yang sedang diteliti oleh para ilmuwan dan pemerintah. Mereka memiliki tanduk dan kekuatan telekenis serta memiliki tangan-tangan transparan (tak terlihat) yang dapat mengendalikan dan mengoyak apapun dalam jarak jangkauannya. Cerita berawal saat seorang gadis Diclonius bernama Lucy kabur dari tempat ia dikurung, saat kabur, dengan mudahnya ia membunuh para pengawal yang ada disana, namun saat kejadian itu, kepalanya tertembak dan membuatnya mengalami luka parah. Karena luka tersebut menyebabkan ia mengalami kepribadian ganda. Kepribadian barunya kini layak  seorang bayi dan hanya dapat berkata “Nyu”. Keesokan harinya ia ditemukan oleh Kohta dan Yuka, dan mereka berdua berinisiatif membawanya pulang, tanpa tahu apa yang sebelumnya terjadi. Dari sinilah cerita dimulai, dengan Lucy yang sekarang bernama “Nyu”. Walaupun begitu, bisa saja Nafsu membunuh Nyu dapat timbul sewaktu-waktu dikehidupan mereka